Zgodnie z ustawą o rachunkowości, organizacje pozarządowe zobowiązane są do prowadzenia dokumentacji i ksiąg rachunkowych (ksiąg finansowych) oraz wypełnia licznych obowiązków sprawozdawczych wobec urzędu skarbowego i ZUS. Dodatkowo, każdego roku muszą opracowywać sprawozdanie finansowe ze swojej działalności, tzw. bilans.
Fundacje i stowarzyszenia mają obowiązek opracowania polityki rachunkowości. Jest to dokument określający zasady finansowe, według których prowadzone są księgi rachunkowe, np.: plan kont, zasady przechowywania i archiwizacji dokumentacji finansowej, sposób amortyzowania środków trwałych, czy informacje o sposobie księgowania kosztów.
Polityka rachunkowości opisuje również obieg dokumentów w fundacji i stowarzyszeniu, czyli kto jest uprawniony do wystawiania rachunków, podpisywania umów, stwierdzania prawidłowości poniesionych kosztów oraz dekretowania a także sposób prowadzenia ewidencji środków trwałych. Dokument musi zostać przyjęty uchwałą przez odpowiedni organ (zarząd lub walne zebranie).
Dla NGO stworzono także możliwość prowadzenia uproszczonej formy księgowości, tzw. uproszczoną ewidencję przychodów i kosztów (UEPiK). Reguluje ją ustawa o działalności pożytku i rozporządzeniu ministra finansów.
Najpóźniej do 10 lipca stowarzyszenia i fundacje nie prowadzące działalności gospodarczej i te prowadzące działalność gospodarczą, mają obowiązek sporządzenia i wysłania do urzędu skarbowego sprawozdania finansowego składającego się z bilansu, rachunku wyników (rachunku zysków i strat) oraz informacji dodatkowej. Obowiązek ten nie dotyczy organizacji, które wybiorą UEPIK.
Jeśli organizacja prowadzi działalność gospodarczą, dodatkowo musi wysłać do KRS sprawozdanie finansowe w formie elektronicznie. Ma na to czas do 15 lipca.
W tym samym terminie organizacje mające status OPP muszą złożyć sprawozdanie w bazie sprawozdań OPP, która prowadzona jest przez Narodowy Instytut Wolności (NIW).
W przypadku, gdy rok obrotowy w fundacji lub stowarzyszeniu pokrywa się z rokiem kalendarzowym, obowiązują następujące terminy złożenia sprawozdania finansowego:
Fundacje są zobowiązane sporządzić i przesłać roczne sprawozdanie merytoryczne ze swojej działalności właściwemu ministrowi, do końca następnego roku za rok poprzedni.
Obowiązek ten nie dotyczy stowarzyszeń, za wyjątkiem tych, które mają status OPP. W takim przypadku, zarówno fundacje, jak i stowarzyszenia mające status OPP (organizacji pożytku publicznego) muszą je złożyć w ministerialnej bazie internetowej do 15 lipca.
Stowarzyszenia i fundacje mają jeszcze jeden obowiązek sprawozdawczy. Co dwa lata muszą wypełnić i odesłać do Głównego Urzędu Statystycznego otrzymane od GUS sprawozdanie.
W organizacjach pozarządowych, które prowadzą działalność gospodarczą, sprawozdanie finansowe musi być zbadane przez biegłego rewidenta (tzw. audyt), który wydaje na jego temat opinię. Audyt przeprowadzany jest, gdy dodatkowo zostały spełnione dwa z trzech poniższych warunków:
Opinię z badania organizacja musi dołączyć do sprawozdań, składanych do urzędu skarbowego oraz KRS.
Audyt zobowiązane są wykonać organizacje mające status pożytku publicznego (OPP), gdy łącznie zostały spełnione wszystkie trzy warunki:
Również i w tym przypadku opinię z badania należy dołączyć do sprawozdań składanych do urzędu skarbowego oraz KRS.
*Powyższa cena jest ceną orientacyjną netto.
Ostateczna wycena usługi zależy od tego, czy organizacja pozarządowa ma status OPP oraz czy prowadzi nieodpłatną lub odpłatną działalność pożytku publicznego.